K preventivním opatřením patří vhodné agrotechnické pěstitelské postupy - výběr vhodného stanoviště (dostatečně vzdušné lokality); dle možnosti upřednostnění méně náchylných, případně rezistentních odrůd při výsadbě nových sadů; případné omezení zdroje infekce podzimním postřikem močovinou nebo sběrem či podrcením listů; správné postupy hnojení (např. intenzívní hnojení zvyšuje rychlost nárůstu nové listové plochy, která pak musí být proti strupovitosti ošetřovaná v kratších intervalech).
 K omezení výskytu choroby přispívá i kvalitně provedený řez - řidší koruny rychleji osychají, což omezuje vhodné podmínky pro rozvoj strupovitosti. Vzhledem k výraznému rozdílu v citlivosti odrůd ke strupovitosti patří mezi preventivní opatření i případné využívání odrůd s nízkuou citlivostí k chorobě. 

V širším slova smyslu lze chápat biologickou ochranu jako prostředky na ochranu rostlin, mezi které patří mikroorganismy, makroorganismy, růstové regulátory hmyzu a rostlin, nejrůznější rostlinné extrakty apod. Jinými slovy se jedná o takové metody regulace škodlivých organismů, při nichž se nevyužívá průmyslově vyrobených syntetických pesticidů. Tyto přípravky lze používat v systémech ekologického zemědělství.

Jsou obdobné, jako v případě strupovitosti jabloně. S ochranou se začíná od začátku rizika vzniku primárních infekcí, což spadá do období fenologické fáze BBCH 53-54 (fenofáze pukání pupenů – myší ouško). Období nejsilnějších výletů askospor trvá v ČR dle dlouhodobého sledování průměrně do konce II. dekády května, během následujícího období se výlety askospor začnou pozvolna snižovat a ke konci druhé dekády června období primárních infekcí obvykle končí. Pokud se podaří udržet listy a plody do konce června bez napadení, je možno ochranu proti strupovitosti ukončit. 
Ochranná opatření lze provádět preventivně (před vznikem infekce, ošetřuje se v pravidelných 6-8 denních intervalech kontaktními i systémovými přípravky), kurativně (tj. postinfekčně - ošetřuje se až po splnění podmínek pro vznik infekce systémovými fungicidy s kurativní účinností), případně jako kombinaci obou systémů. U hrušní se využívá preventivní systém ošetřování. Tam, kde jsou u hrušní napadeny i větve, je třeba myslet na to, že primární infekce mohou způsobit nejen askospory, ale i konidie a že v takovém případě hrozí pokračování infekcí i v případě, že listy nejsou napadeny. 

K ochraně proti strupovitosti se využívá široké spektrum přípravků z různých chemických skupin, které se liší způsobem účinku a mechanismem průniku do listů a plodů. 

• Kontaktní přípravky zůstávají pouze na povrchu rostlinných pletiv, musí být aplikovány preventivně, nemají kurativní ani eradikační účinek. Vícebodové působení, nejsou ohroženy vznikem rezistence houby k těmto účinným látkám. 
• Systémové (ev. hloubkové) přípravky pronikají do rostliny, mají kurativní (ale i preventivní) a některé i eradikační účinek, po zaschnutí a vstřebání do pletiv (obvykle 2–6 hod v závislosti na přípravku) nejsou smývány deštěm. Riziko vzniku rezistence z důvodu specifického, převážně jednobodového působení - je třeba dodržovat zásady antirezistentní strategie. 
• Mezosystémové fungicidy se rozšíří z místa dopadu po povrchu rostliny, ale uvnitř rostliny rozváděny nejsou. Používají se preventivně. K tomuto typu přípravků se řadí strobilurinové účinné látky, vyznačují se specifickým mechanismem působení, jsou významně ohroženy rizikem vývoje rezistence houby, dodržování antirezistentní strategie je zcela nezbytné. 

Z fungicidů s vícebodovým kontaktním účinkem tak lze využít např. přípravky založené na bázi síry nebo mědi.