Může se vyvíjet na kulturních i plevelných rostlinách z čeledi miříkovitých. Ze zelenin preferuje mrkev a vyvíjí se také na celeru, petrželi a pastináku.

Larvy první generace, pokud napadají mladé rostliny, způsobí, že rostliny zavadají, jejich růst je zpomalen a mohou žírem na kořenech uhynout, zejména v období sucha. Poškození kořenů na více vyvinutých rostlinách se projevuje fialovým zabarvením a později žloutnutím listů. Larvy vyžírají v kořenech chodbičky, čímž kořeny znehodnocují. Kořeny po žíru larev jsou nahořklé a snadno podléhají hnilobě. Bulvy celeru se také zabarvují do fialova.

Pochmurnatka mrkvová patří mezi dvoukřídlý hmyz. Má 2 generace v roce. Přezimuje kukla (puparium, které je slámově žluté) v půdě na poli, kde proběhl vývoj larev. K líhnutí much dochází v druhé polovině května. Samičky kladou vajíčka na rostliny nebo do půdy poblíž rostlin. Larvy po vylíhnutí nejprve ožírají postranní kořínky a od 3. vývojového stupně zažírají do kůlovitého kořenu, ve kterém vyžírají těsně pod povrchem nepravidelné chodbičky. Chodbičky i pletiva nad nimi se zabarvují do rezavožluté barvy. Od srpna se líhnou dospělci druhé generace. Larvy druhé generace poškozují kořeny po celý podzim. Larvy druhé generace se kuklí v napadeném kořeni nebo půdě. Část larev může v kořenech přezimovat a kuklí se až na jaře.

Je významným škůdcem mrkve, ale může škodit také na celeru a petrželi.