Dodržování osevních postupů. Pěstování kukuřice po kukuřici, ale i pěstování kukuřice v bezprostředním sousedství ploch, kde byla kukuřice v minulém roce, vede k uchování stejné nebo vyšší populační hustoty zavíječe na dané lokalitě. Pokud nelze tuto první podmínku dodržet, je třeba počítat s komplexem dalších opatření proti zavíječi. Neponechávat nesklizenou slámu na poli přes zimu. Pro redukci výskytu je třeba místo minimalizace zpracování půdy provádět hlubokou orbu. Nejvýznamnější redukce populace zavíječe se dosáhne v kombinaci orby s dokonalým rozdrcením posklizňových zbytků. Zejména stébla je nutno rozřezat na malé kousky a rozdrtit je tak, aby v nich housenka nemohla vyhlodat komůrku pro přezimování. Při drcení posklizňových zbytků je současně převážná většina housenek mechanicky zničena. Drcení je nutno provést co nejdříve po sklizni, neboť po sklizni báze uříznuté rostliny vysychá a housenky se přesunují ve stéble blíže k povrchu půdy nebo až pod povrch půdy. Co nejnižší výška strniště je další významnou zásadou ochrany vůči zavíječi. Přes všechna doporučovaná agrotechnická opatření je zpravidla nutné pro zabránění škod používat další přímé metody ochrany vůči zavíječi.
Jednou z dalších preventivních metod je i volba vhodné odrůdy (hybridu) s ohledem na lokalitu, účel pěstování, číslu FAO aj. Nové ranější hybridy kukuřice mají často nižší polní odolnost vůči zavíječi.
Další alternativou v pěstování je využití geneticky modifikovaných hybridů kukuřice tzv. Bt-kukuřice, která je rezistentní vůči konkrétním škůdcům. Tyto rostliny mají do svého genomu vložen gen z bakterie Bacillus thuringiensis (Bt), díky kterému buňky kukuřice vytrvale syntetizují delta endotoxin. Hmyz, který pozře pletivo s tímto toxinem, postupně snižuje příjem potravy a během několika hodin až dnů hyne. Bt-kukuřice je dosud nejúčinnější metodou ochrany proti zavíječi kukuřičnému. Pěstování Bt-kukuřice umožňuje významně snížit narůstající spotřebu syntetických pesticidů. Delta endotoxin není toxický pro necílové skupiny škůdců a je zcela neškodný pro obratlovce, včetně člověka. Výsledky výzkumu prokázaly, že pěstování Bt-kukuřice nepřináší rizika pro biodiverzitu agroekosystémů, nemá negativní vliv na přirozené nepřátele škůdců, na včely nebo jejich produkty. Jisté komplikace při pěstování Bt-kukuřice mohou přinášet nezbytná prevence rizik selekce rezistentních populací zavíječe vůči Bt-toxinu (povinná opatření jako součást technologie pěstování Bt-plodin) a povinné dodržování zásad koexistence porostů Bt-plodin a ostatních porostů těchto plodin (netransgenních).
Z polyfágních predátorů se na regulaci vajíček a housenek zavíječe kukuřičného podílejí zejména slunéčka, zlatoočky a dravé ploštice. Ze specifických parazitoidů jsou nejvýznamnější přirozeně se vyskytující blanokřídlí vaječní parazitoidi drobněnky rodu Trichogramma, a zejména kuklice z řádu dvoukřídlých rodu Lydella (čeleď Tachinidae).