Základem je volba vhodné odrůdy pro dané podmínky. Podle náchylnosti pěstované odrůdy k plísni v nati a na hlízách musí být zvolena další opatření a intenzita přímé ochrany. Urychlením vývoje porostu (narašením nebo naklíčením sadby, včasnou výsadbou) lze dosáhnout snížení ztrát, neboť v době nástupu epidemie choroby je pak porost odolnější s částečně již zajištěným výnosem. Výběr lokality a pozemku pro výsadbu brambor ovlivňuje nástup infekce a podílí se na dalším vývoji choroby včetně infekce hlíz. Rizikovými lokalitami jsou údolní polohy s omezeným prouděním vzduchu, těžkou půdou a pozemky v blízkosti vod a lesů, kde porosty pomalu osychají. Vyrovnaná výživa podporuje odolnost porostu k infekci. Významná je dostatečná zásoba hořčíku a důležitých mikroprvků. Naopak jednostranné přehnojení dusíkem vede k přebujení porostu a rychlejšímu šíření choroby. Napadení hlíz lze omezit vyšší vrstvou půdy nad hlízami a tvarem hrůbků (nahrnutí), aby srážky se sporami původce nekontaminovaly přímo hlízy. Při výskytu plísně v hlízách je vhodné organizovat sklizeň později, aby se napadené hlízy rozložily v půdě. Problematické partie by také měly být ukládány na přechodné skládky a po projevení infekce vytříděny. Po uložení na trvalou skládku vyžadují intenzivní větrání. Při vyšším výskytu hniloby není dlouhodobé skladování vhodné.

Zatím nebyly vyvinuty způsoby nechemické ochrany s významnou účinností. Při pěstování brambor bez použití fungicidů lze využívat především odolnějších odrůd a odrůd raných, které dosáhnou přijatelného výnosu před nástupem epidemického šíření choroby.

V širším slova smyslu lze chápat biologickou ochranu jako prostředky na ochranu rostlin, mezi které patří mikroorganismy, makroorganismy, růstové regulátory hmyzu a rostlin, nejrůznější rostlinné extrakty apod. Jinými slovy se jedná o takové metody regulace škodlivých organismů, při nichž se nevyužívá průmyslově vyrobených syntetických pesticidů. Tyto přípravky lze používat v systémech ekologického zemědělství.

Aplikace fungicidů proti plísni bramboru je rozhodujícím článkem ochrany. Musí však být zahájena včas a fungicidní clona se musí udržovat bez přerušení po celou dobu vegetace. Výběr fungicidů je nutné podřídit průběhu počasí, náchylnosti odrůdy a stavu porostu. Ošetření by mělo být preventivní, tj. porost by měl být pokryt fungicidem již před obdobím, kdy jsou vytvořeny vhodné podmínky pro infekci. Termín zahájení ochrany lze stanovit podle vývoje porostů a průběhu počasí nebo některou z metod prognózy a signalizace. Intervaly mezi ošetřeními se řídí účinností přípravku, ale především průběhem počasí a infekčním tlakem choroby. Postřiky je nutné opakovat častěji při deštivém počasí, při silném infekčním tlaku choroby a u náchylných odrůd. Zvláště je nutné obnovit co nejdříve fungicidní clonu po přívalových deštích. Po zjištění plísně v porostu a při jejím dalším šíření je třeba použít přípravky chránící hlízy. Dávka vody u všech fungicidů by neměla být nižší než 400 l/ha. Preventivní postřiky před výskytem plísně a v období suchého počasí a slabého infekčního tlaku lze zajistit běžnými kontaktními fungicidy. Je-li však nástup podmínek pro infekci časný, předpokládá-li se rychlé šíření plísně a je-li vhodné počasí pro chorobu, je nutné zahájit ochranu fungicidy se systemickou účinností. Období před epidemií a na začátku epidemie, období silného infekčního tlaku a deštivého počasí vyžaduje použití nejúčinnějších fungicidů. Vhodné jsou přípravky s lokálně systemickou složkou, systemické fungicidy a účinnější kontaktní fungicidy. U fungicidů obsahujících fenylamidy (metalaxyl--M, benalaxyl) je nutné regulované použití z důvodu nebezpečí rezistence. V druhé polovině postřikové sezony a v závěru vegetace se aplikují přípravky, které vykazují příznivý efekt v ochraně hlíz. Jejich nasazení by mělo být zahájeno v době, kdy se plíseň začíná šířit v porostu. Obvykle jsou třeba nejméně dvě nebo více aplikací podle délky období, po které jsou hlízy vystaveny zdroji infekce z natě, a podle intenzity srážek. 
Nezbytnou součástí ochrany hlíz je ukončení vegetace zničením natě chemicky desikací, případně mechanicky rozbitím. Tímto zásahem se odstraňuje zdroj infekce pro hlízy. 
Při rozhodování o ukončení vegetace je třeba brát v úvahu následující faktory: 
- procento napadení natě a očekávaný vývoj infekce (stagnace nebo silný infekční tlak); 
- okamžitý a očekávaný vývoj počasí (vhodnost podmínek pro infekci hlíz); 
- výnos hlíz; 
- náchylnost odrůdy k plísni na hlízách; 
- půdní podmínky dané lokality. 
Obecně je možné doporučit ukončení vegetace v období, kdy je nať napadena v rozmezí 5–20 %. Vhodnější je dodržet nižší hranici, tj. do 5 %, zejména je-li předpoklad dalšího rychlého šíření plísně v porostu, jsou-li očekávány intenzivní dešťové srážky a jedná-li se o lokalitu s těžší půdou. Odrůdy silně náchylné k plísni na hlízách vyžadují ukončení vegetace již v době, kdy je plíseň v porostu patrná, tj. při napadení 1 % listové plochy. Ukončení vegetace při vyšším napadení natě je možné připustit v těch případech, kdy plíseň v porostu není aktivní, je předpoklad delšího období bez srážek a nejedná se o rizikovou lokalitu (údolní poloha apod.). Za takových podmínek lze rovněž zvolit mechanické rozbití natě místo desikace. Přirozené dozrání porostu je možné pouze za předpokladu, že je bramborová nať zcela bez napadení plísní.